《药师咒》內容：

南谟薄伽伐帝。鞞杀社。窭噜薛琉璃。

钵喇婆。喝啰阇也。怛他揭多也。

阿啰喝帝。三藐三勃陀耶。怛侄他。

唵。鞞杀逝。鞞杀逝。鞞杀社。三没揭帝娑诃。

《药师咒》注解

南谟：【皈依】的意思。即依靠。

薄伽伐帝：【世尊】的意思。“薄伽梵”的另一音译。

鞞杀社：【药】的意思。

窭噜：同“古鲁（Guru）”。【师】的意思。

薜琉璃：【琉璃】的意思。

钵喇婆：【光】的意思。

喝啰阇也：【王】的意思。因为药师佛为东方七佛之首（这依世尊提及的顺序而列）。

怛他揭多也：【如来】的意思。

阿啰喝帝：【应】的意思。

三藐三勃陀耶：【正等正觉】（正等觉）的意思。

怛侄他：【即是】，“即說咒曰”的意思。

唵：【三身皈命】的意思。即“身、语、意”全部皈依“佛、法、僧”三宝。

鞞杀逝、鞞杀逝、鞞杀社：【药、药、药】。“逝”作连接词用，“社”作结束词。

三没揭谛：【自渡渡他】的意思。即是普渡。

娑诃：【圆满达成】；“速得成就”的意思。等如“娑婆诃”。

《药师咒》白话解释：

皈依世尊药师琉璃光如来、应、正等觉。即身、语、意皆依靠身药、语药、意药去自渡渡他，得功德圆满。
依药师佛的道而修行，即可身心清净、了脱生死、超越轮回。